Zu den größten Gefahren für das Ökosystem der Ostsee zählen dem Bericht zufolge Überfischung, Verschmutzung sowie die Anreicherung von Nährstoffen, zum Beispiel aus Abwässern oder von stark gedüngten landwirtschaftlichen Flächen. Auch der Klimawandel wirke sich zunehmend auf die Ostseeregion aus, heißt es. Er führe zu steigenden Wassertemperaturen, einer geringeren Eisbedeckung und einer Zunahme extremer Wetterereignisse.
In einigen Teilen der Ostsee sei die Verschmutzung des Meeres dank regionaler Absprachen reduziert worden, in den meisten Regionen habe sich aber kaum etwas verbessert. Vor der deutschen Ostseeküste beispielsweise haben es einige Tierarten dem Bericht zufolge schwer. So sei die Situation für Wasservögel in der Kieler Bucht und in der Mecklenburger Bucht sowie im Arkona-Becken, in dem die Insel Rügen liegt, sehr schlecht. Im Arkona-Becken steht demnach auch die Schweinswal-Population unter Druck.
Auch deutsche Forscher waren an dem HELCOM-Bericht beteiligt, unter anderem Jan Dierking vom Geomar Helmholtz-Zentrum für Ozeanforschung Kiel. «Viele Spezies sind Mehrfach-Stress durch den Klimawandel und andere menschliche Einflüsse ausgesetzt», erklärt der Meeresökologe. «Nur eine Kombination von Maßnahmen kann helfen, marine Lebensräume zu verbessern und die einzigartige Biodiversität dieser Region zu schützen, auf die viele Menschen angewiesen sind.»