Die Art wurde 1962 erstmals in Bayern entdeckt und deshalb «Microtus bavaricus» benannt. Doch danach gelang es trotz mehrfacher Suche jahrzehntelang nicht mehr, die Maus mit dem auffällig kleinen Augen und den fast vollständig im graubraunen Fell verborgenen Ohrmuscheln in Bayern zu entdecken. Später fand man im Rofangebirge im österreichischen Tirol einige Exemplare, die für die Erhaltungszucht in Zoos kamen.
Schließlich brachten Wildkameras 2022 und 2023 erste Hinweise, das Kurzohrmäuse in Bayern noch vorkommen könnten. «Mit einer auffallenden Häufung von Aufnahmen potentieller Bayerischer Kurzohrmäuse aus dem Sommer 2023 bei Mittenwald schien die Sensation plötzlich greifbar», teilte Biologe Simon Ripperger mit. Im Herbst gelang dann dank der Maus aus der Lebendfalle der Artnachweis.