Die S-Bahnen S3 und S4 enden an der Haltestelle Pasing. Die S1 fährt im 20- bis 40-Minuten-Takt von Moosach ohne Zwischenhalt direkt zum Hauptbahnhof. Die Haltestellen Pasing und Ostbahnhof verbindet die S8. Die S2 verkehrt zwischen den Haltestellen Petershausen und Heimeranplatz im Halbstundentakt. Die S7 pendelt nur zwischen Hauptbahnhof und Giesing.

Zudem wird entlang der Stammstrecke zwischen Pasing und Hauptbahnhof ein Ersatzverkehr mit Bussen eingerichtet. Die Busse sollen im 10-Minuten-Takt fahren. Alternativ können Fahrgäste die U5, die Tramlinie 19 und Buslinie 130 nutzen.

Auch für das Pfingstwochenende hat die Bahn bereits Streckensperrungen auf der zweiten Stammstrecke und Sendlinger Spange angekündigt.