Schäffler wurde in der Jugend des TSV 1860 München ausgebildet und schaffte dort den Sprung in den Profibereich. Der Angreifer spielte kontinuierlich in der 2. Bundesliga beziehungsweise 3. Liga für den MSV Duisburg, den FC Ingolstadt, Holstein Kiel, den SV Wehen Wiesbaden und den 1. FC Nürnberg.
«In den vergangenen drei Zweitliga-Spielzeiten hat Manuel im Durchschnitt stets mehr als zehn Tore erzielt. Wir haben sehr gute Gespräche mit ihm geführt und er hat von Beginn an die volle Überzeugung transportiert, in Dresden und in diesem leidenschaftlichen Umfeld nochmal ein richtig starkes Fußball-Kapitel schreiben zu wollen», sagte Dynamos Sportgeschäftsführer Ralf Becker.