In Peenemünde wurde am weltweit ersten Marschflugkörper und an der ersten funktionierenden Großrakete gearbeitet. Das HTM arbeitet die Geschichte der Entstehung und Nutzung dieser Waffen auf, die später im Zweiten Weltkrieg auch gegen westeuropäische Großstädte eingesetzt wurden. Dazu wurden in Peenemünde KZ-Häftlinge als Zwangsarbeiter eingesetzt. «Dieser Ort hat viele Menschen das Leben gekostet», so Martin. «Rund um die schwierige Geschichte Peenemündes wird hier bis zum Frühjahr 2027 eine zeitgemäße Dauerausstellung entwickelt.»
Im Herbst 2021 hatte die Landesregierung vorerst von ihrem umstrittenen Plan Abstand genommen, die NS-Hinterlassenschaften in Peenemünde auf Usedom für das Unesco-Weltkulturerbe vorzuschlagen. Einen entsprechenden Vorschlag hatte zuvor Ministerpräsidentin Manuela Schwesig (SPD) angekündigt. Zum Zeitpunkt der Ankündigung gehörte die Linke im Schweriner Landtag noch zur Opposition, und kritisierte die Pläne als geschichtsverzerrend. Der Rückzieher erfolgte dann während der Koalitionsverhandlungen der beiden heutigen Regierungsparteien SPD und Linke.