Trotz einer «ausgezeichneten» hygienischen Gewässerqualität kann es laut dem HLNUG zu anderen Beeinträchtigungen in einem See wie zum Beispiel starkem Auftreten von Cyanobakterien kommen, «die eine Nutzung als Badegewässer einschränken können». So etwas wirke sich aber nicht auf die hygienische Einstufung aus. Aktuelle Messdaten seien auf der Internetseite badeseen.hlnug.de zu finden.

Die offiziellen EU-Badestellen werden nach der EU-Badegewässer-Richtlinie und der hessischen Badegewässer-Verordnung nach Angaben des HLNUG streng überwacht, um unbedenkliches Schwimmen und Planschen sicherzustellen. Vor Beginn der individuellen Badesaison und danach mindestens einmal im Monat untersuchen die zuständigen Gesundheitsämter die Gewässer auf die Bakterien Escherichia coli und Intestinale Enterokokken - Indikatorkeime für fäkale Verunreinigungen.

Außerdem beobachten die Experten, ob es während der Badesaison zur massenhaften Vermehrung von Blaualgen kommt. Diese können bei Kontakt zu gesundheitlichen Beeinträchtigungen führen. Generell abgeraten wird vom Baden in Flüssen und Bächen, da eingeleitete Abwässer mit Keimen belastet sein können, die Krankheiten verursachen.

Beim See Großer Wog bei Darmstadt hieß es am 6. Juni: «Sichttiefe unter einem Meter! Erhöhte Unfall- und Verletzungsgefahr. Erschwerte Rettung Ertrinkender.» Beim Strandbad Wetterburg der Twistetalsperre bei Bad Arolsen wurden am 6. Juni ebenfalls Bereiche mit Blaualgen gemeldet.