Vor Beginn der Aushubarbeiten für den Tunnel hatte Femern A/S die Tunneltrasse auf Munitionsaltlasten untersuchen lassen. Dabei wurden im Frühjahr 2021 Blindgänger entdeckt. Bis auf die 125 Kilogramm schwere, deutsche Wasserbombe wurden die Altlasten aus dem Krieg bereits geborgen oder unschädlich gemacht. Die Wasserbombe befindet sich in geringer Entfernung zur deutschen Grenze und dem Natura-2000-Gebiet Fehmarnbelt.
«Die Entschärfung der Bombe ist eine wichtige Voraussetzung dafür, dass wir ab 2024 mit dem Absenken der Tunnelelemente beginnen können«, sagte der technische Direktor Jens Ole Kaslund. Der rund sieben Milliarden Euro teure, vierspurige Straßen- und Eisenbahntunnel soll 2029 eröffnet werden. Er soll die Fahrzeit von Hamburg nach Kopenhagen mit dem Zug auf rund zweieinhalb Stunden verkürzen.