Die Route startet auf der Straße des 17. Juni und führt dann in einem großen Bogen durch die Stadt zurück zum Brandenburger Tor. Autofahrer können die Marathonstrecke nur über die A100 oder die Tunnel am Alexanderplatz und Tiergarten über- und unterqueren. Auf einer interaktiven Karte des Veranstalters im Internet können sich Autofahrer die genauen Uhrzeiten der Sperrungen ansehen. Ab etwa 19.00 Uhr soll der Verkehr wieder laufen.
Am Sonntagmorgen wird die Strecke ab 7.30 Uhr für Zehntausende Läufer erneut gesperrt. Polizei und BVG empfehlen am Wochenende die Nutzung von S-Bahnen und U-Bahnen. Busse und Straßenbahnen fahren teilweise auf einer veränderten Route. Wegen des ebenfalls stattfindenden Lollapalooza-Festivals am Olympiastadion kann es in den Zügen voll werden.