Zuletzt standen beiden Mannschaften im November 1996 gemeinsam im Viertelfinale. Damals schied der FC St. Pauli durch ein 4:5 nach Elfmeterschießen bei Energie Cottbus aus, während der HSV mit einem 2:1 beim VfL Bochum ins Halbfinale vordrang. In der Vorschlussrunde scheiterte der HSV dann am späteren Pokalsieger VfB Stuttgart (1:2).
Der erste gemeinsame Auftritt im Viertelfinale war beiden Teams in der Saison 1965/66 gelungen. Damals unterlag der HSV dem FC Bayern München mit 1:2, St. Pauli schied gegen den 1. FC Nürnberg (0:1) aus.